ক্যান্টনমেন্ট কলেজ যশোর, প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ের অধীন সামরিক ভূমি ও সেনানিবাস অধিদপ্তর (ডিএমএলসি) কর্তৃক প্রতিষ্ঠিত প্রথম প্রতিষ্ঠান যা দাউদ পাবলিক স্কুলে ৫ জন শিক্ষার্থী নিয়ে ০১ জুলাই ১৯৬৯ সালে যাত্রা শুরু করে। এই ৫ জন ছাত্রের মধ্যে শহীদ আলতাফ আমাদের গৌরবময় মুক্তিযুদ্ধে অংশগ্রহণ করে শহীদ হওয়ার গৌরব অর্জন করেন। এই প্রতিষ্ঠানের প্রথম অধ্যক্ষ ছিলেন ক্যাপ্টেন করিম উদ্দিন আহমেদ। ১৯৮৩ সালে, কলেজটি বর্তমান ক্যাম্পাসে স্থানান্তরিত হয়। এটি ১৯৯৫ সালে বিএ, বিএসএস, বিকম এবং বিএসসি কোর্স চালু করেছে। প্রয়াত জেনারেল মোঃ মুস্তাফিজুর রহমানের ঐকান্তিক প্রচেষ্টায় স্নাতক (সম্মান) এবং স্নাতকোত্তর কোর্সগুলি যথাক্রমে ১৯৯৬ এবং ১৯৯৯ সালে শুরু হয়।
২০০২ সালে এই প্রতিষ্ঠানটি বাংলাদেশের শ্রেষ্ঠ কলেজ হওয়ার গৌরব অর্জন করে। কলেজটি ২০১৯ সালে তার ‘সুবর্ণ জয়ন্তী’ উদযাপন করেছে। বর্তমানে, কলেজটিতে উচ্চ মাধ্যমিক স্তরে বিজ্ঞান, মানবিক এবং ব্যবসায় শিক্ষা বিভাগে অধ্যয়নের পাশাপাশি ডিগ্রি (পাস), স্নাতক (সম্মান) এবং স্নাতকোত্তর কোর্স চলমান আছে। এটি ২০১৫ সালে একটি পাবলিক কলেজে রুপান্তরিত হয় এবং ২০২২ সালে জাতীয় শিক্ষা সপ্তাহে খুলনা বিভাগের সেরা শিক্ষা প্রতিষ্ঠান হিসাবে স্বকৃতি লাভ করে।
কলেজটিতে বিএনসিসি, রোভার স্কাউট এবং বিভিন্ন ক্লাবের সহ পাঠ্যক্রমিক কার্যক্রম অত্যন্ত গুরুত্বের সাথে পরিচালিত হয়। অদম্য স্পৃহা ও উৎসাহের মাধ্যমে অত্র কলেজ একাডেমিক শ্রেষ্ঠত্ব অর্জন এবং মানবিক চরিত্র গঠনের জন্য শিক্ষার্থীদের সর্বদা অনুপ্রাণিত করে চলেছে।